Su ingreso al penal de máxima seguridad le pareció un alivio. No sabía que el “aniquilamiento de la persona” ahora era distinto, pero no había terminado. Compartió crujía con Miguel Ángel Félix Gallardo, Caro Quintero, Francisco Arellano Félix, Chávez Araujo, Pardo Cardona y Tinoco Gancedo. Más tarde, con Ignacio del Valle, líder de San Salvador Atenco, con quien trabó una profunda amistad. Jacobo Silva Nogales, se repuso del más crudo enclaustramiento que se ejerce en México y recuperó a su familia, se convirtió en pintor y se hizo cargo de su propia defensa legal y de la de su esposa. Obtuvo la libertad al ganar el juicio al Estado mexicano en 2009